El primer pilar para la fundación de la Hermandad de la Sagrada Cena se coloca el seis de junio de 1960, gracias al prior de Santo Domingo en aquella fecha, el dominico fray Pablo del Olmo, ya fallecido, y su primer hermano mayor, José Luis Sancho Mejías, quienes adquieren un grupo escultórico que había quedado depositado en el convento dominico, pensando en fundar una hermandad de penitencia. Siendo este hecho reafirmado el 13 de abril de 1963 cuando la autoridad eclesiástica la erige canónicamente.
En sus primeros años sólo atendía el culto interno y su labor social, cayendo al poco tiempo en un estancamiento del que pronto se recuperara, realizando su primera salida procesional en 1970, solo el paso de misterio. En el año 1971 se le concedió al Príncipe de Asturias, Don Juan Carlos de Borbón, el titulo de Hermano Mayor Honorífico y a su alteza Doña Sofía, el titulo de Camarista de Honor de la Santísima Virgen en la visita realizada al Convento de Santo Domingo.
La Virgen de los Santos y Esperanza, talla de propiedad particular, fue bendecida en el año 1971. Sólo procesionaria en Semana Santa en el año 1977 y lo hace desde un tinglado instalado en la calle Higuera (al no obtener permiso para hacerlo desde Santo Domingo), donde se monta un paso con enseres cedidos por la Archicofradía de la Merced, Cofradía de las Cigarreras, Cofradía de la Borriquita y Archicofradía del Carmen. Desde entonces no se ha vuelto a realizar un culto interno o externo a la Señora. Con anterioridad había procesionado por las calles de Cádiz en el año 1972, con motivo del 25 Aniversario de la Coronación Canónica de la Santísima Virgen del Rosario. Poco después de la salida procesional del año 1977 la imagen se retiraría del culto y pasaba de nuevo a manos de su dueño, José Luis Sancho Mejías.
En la década de los noventas la Hermandad comienza un engrandecimiento en su patrimonio al decidir realizar nuevas tallas Titulares y para el misterio, al igual que se sustituye el paso procesional por uno mas acorde a la estética cofrade.
El 19 de octubre de ese mismo año, es bendecida solemnemente la imagen de María Santísima Reina de Todos los Santos por el Vicario General de la Diócesis de Cádiz y Ceuta, Guillermo Domínguez Leonsegui.
En 2017 el Señor del Milagro presidiría el Via Crucis Oficial de la Hermandades y Cofradías de Cádiz, saliendo en el paso procesional de Jesús Nazareno de la localidad serrana de Setenil de las Bodegas. También ese mismo año, en el mes de julio, saldría por primera vez bajo palio María Santísima Reina de Todos los Santos, en la procesión magna conmemorativa del 150 aniversario del patronazgo canónico de la Virgen del Rosario. Lo haría bajo el palio de la Virgen de la Esp tranza de nuestra Cofradía hermana de las Cigarreras y con el manto de Ntra. Sra. de la Amargura de la Cofradía de la Humildad y Paciencia.